| 順位 | 組-順 | 氏名 | 所属 | 記録 | 事由 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 3-1 | 東條 吏起(4) 山口 | 日本文理大 | 4'08"46 | |
| 2 | 3-2 | 手嶋 純輝 大分 | 由布市陸協 | 4'17"21 | |
| 3 | 3-3 | 向井 健翔(1) 大分 | 佐伯鶴城高 | 4'18"02 | |
| 4 | 3-4 | 安藤 駿希(2) 大分 | 大分舞鶴高 | 4'20"67 | |
| 5 | 3-5 | 岩下 颯太(2) 大分 | 鶴崎工高 | 4'20"89 | |
| 6 | 3-6 | 深田 晴南(2) 大分 | 鶴崎工高 | 4'21"08 | |
| 7 | 3-7 | 門脇 悠斗(4) 大分 | 大分高専 | 4'28"75 | |
| 8 | 1-1 | 小野 輝(2) 大分 | 臼杵高 | 4'30"60 | |
| 9 | 3-8 | 千歳 翔太(2) 大分 | 大分雄城台高 | 4'32"51 | |
| 10 | 2-1 | 矢野功一郎(2) 大分 | ｻｻﾞﾝｶRC | 4'32"84 | |
| 11 | 2-2 | 猪原 颯空(3) 大分 | 城東中 | 4'33"39 | |
| 12 | 1-2 | 稲垣 成道(3) 大分 | 臼杵高 | 4'33"84 | |
| 13 | 2-3 | 青松 真汰(3) 大分 | 稙田南中 | 4'34"50 | |
| 14 | 2-4 | 桑原 大河(3) 大分 | 別府西中 | 4'37"76 | |
| 15 | 3-9 | 吉川 雅彦(1) 大分 | 大分高専 | 4'40"25 | |
| 16 | 2-5 | 姫嶋 滉介(2) 大分 | 別府西中 | 4'43"43 | |
| 17 | 2-6 | 松﨑 叶翔(2) 大分 | 稙田東中 | 4'44"63 | |
| 18 | 2-7 | 河邉 祐斗(2) 大分 | 稙田東中 | 4'45"58 | |
| 19 | 1-3 | 山﨑 颯介(3) 大分 | 臼杵高 | 4'47"79 | |
| 20 | 2-8 | 田代 達也(3) 大分 | 上野ヶ丘中 | 4'48"49 | |
| 21 | 2-9 | 大窪 彪希(2) 大分 | 賀来中 | 4'50"10 | |
| 22 | 2-10 | 佐藤丈太郎(2) 大分 | 臼杵北中 | 4'50"19 | |
| 23 | 2-11 | 江藤 太陽(3) 大分 | 津久見第二中 | 4'56"15 | |
| 24 | 2-12 | 坂梨 亘(3) 大分 | 挾間中 | 4'56"23 | |
| 25 | 3-10 | 羽田 充輝(2) 大分 | 大分大 | 4'57"92 | |
| 26 | 1-4 | 冨來 晃平(2) 大分 | 大在中 | 4'59"96 | |
| 27 | 1-5 | 廣瀬 颯大(2) 大分 | 臼杵北中 | 5'00"64 | |
| 28 | 1-6 | 古賀 寛人(2) 大分 | 上野ヶ丘中 | 5'01"45 | |
| 29 | 2-13 | 岩尾 凛曖(3) 大分 | 津久見第一中 | 5'03"13 | |
| 30 | 1-7 | 加藤 慶悟(2) 大分 | 別府西中 | 5'03"30 | |
| 31 | 2-14 | 西 彬成(2) 大分 | 大在中 | 5'05"00 | |
| 32 | 1-8 | 竹内 琉真(3) 大分 | 上野ヶ丘中 | 5'12"06 | |
| 33 | 1-9 | 友利 蓮(3) 大分 | 別府西中 | 5'12"37 | |
| 34 | 1-10 | 松本進之介(2) 大分 | 賀来中 | 5'13"67 | |
| 35 | 1-11 | 盛田 絃貴(1) 大分 | 稙田中 | 5'15"84 | |
| 36 | 1-12 | 松原 悠磨 大分 | TRISE | 5'37"24 | |
| 3- | 後藤 航大 大分 | 大分陸協 | 欠場 | ||
| 3- | 山田 洸志(3) 熊本 | 小川工業高 | 欠場 | ||
| 1- | 松良 航雅(2) 大分 | 大在中 | 欠場 | ||
| 3- | 辛島 兼護(2) 大分 | ｻｻﾞﾝｶRC | 欠場 | ||
| 1- | 藤本琥太郎(2) 熊本 | 小川工業高 | 欠場 | ||
| 2- | 伊藤 遼叶(2) 熊本 | 小川工業高 | 欠場 | ||
| 3- | 梅山 優志(3) 大分 | 城東中 | 欠場 | ||
| 1- | 亘鍋 幹太(3) 大分 | 臼杵北中 | 欠場 |