| 順位 | 組-順 | 氏名 | 所属 | 記録 | 事由 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2-1 | 東條 吏起(4) 山口 | 日本文理 | 4'19"99 | |
| 2 | 2-2 | 西浦 雄真(2) 鹿児島 | 日本文理 | 4'23"55 | |
| 3 | 2-3 | 髙木 慶介(4) 大分 | 日本文理 | 4'24"78 | |
| 4 | 2-4 | 井 彰啓(2) 熊本 | 日本文理 | 4'27"85 | |
| 5 | 1-1 | 羽田 新世(3) 大分 | 日本文理 | 4'35"32 | |
| 6 | 2-5 | 小水 知朗(2) 長崎 | 日本文理 | 4'38"46 | |
| 7 | 2-6 | 小西壮太郎(3) 大分 | 日本文理 | 4'42"48 | |
| 8 | 2-7 | 児玉 颯斗(1) 大分 | 日本文理 | 4'48"41 | |
| 9 | 1-2 | 八谷 怜音(1) 大分 | 日本文理 | 4'50"22 | |
| 10 | 1-3 | 門脇 悠斗(3) 大分 | 大分高専 | 4'59"29 | |
| 11 | 1-4 | 田中 飛翔(1) 大分 | 日本文理 | 5'08"75 | |
| 12 | 1-5 | 羽田 充輝(1) 大分 | 大分大医学部 | 5'17"27 | |
| 13 | 1-6 | 吉川 雅彦(1) 大分 | 大分高専 | 5'21"23 | |
| 14 | 1-7 | 小野 雄聖(4) 大分 | 日本文理 | 5'29"61 | |
| 15 | 1-8 | 菊池 大和(3) 大分 | 大分大医学部 | 5'50"04 | |
| 1- | 森賀 竜斗(4) 大分 | 日本文理 | 欠場 | ||
| 2- | 小畑 聖(4) 大分 | 日本文理 | 欠場 | ||
| 2- | 吉岡 剛志(2) 岡山 | 日本文理 | 欠場 | ||
| 2- | 入口 汰地(2) 熊本 | 日本文理 | 欠場 | ||
| 1- | 槐島 光莉(2) 大分 | 日本文理 | 欠場 |